京都のゲーテ・インスティトゥートは、1963年、ゲーテ・インスティトゥート京都支部として、当時の財団法人日独文化研究所の館内に開設され、その活動を始めました。 1983年には、当時のドイツ連邦共和国ヘルムート・コール首相のもと、京都御所と京都大学の間に位置する鴨川沿いの現在地に移転し、新しいドイツ連邦共和国所有の建物がオープンしました。
2010年夏まで、当館では、文化芸術関連の様々な催しやドイツ語コースが開催され、ドイツ文化センターとの通称で、日本の市民の方々に親しまれてきました。 2010年秋の改修工事を経て、当館は、ドイツの招聘アーティストと日本の芸術家の出会いの場である、アーティスト・イン・レジデンス（滞在型芸術創造空間）、『ゲーテ・インスティトゥート・ヴィラ鴨川』となりました。
図書室とホールは改修され、新たな利用者層にも対応しました。ドイツ語コースは、2010年秋より、当館近くの関西日仏学館を会場として開講されています。また、2011年4月には、ヴィラ鴨川の1階に、カフェがオープンしました。2階は、ゲーテ･インスティトゥート「アーティスト･イン･レジデンス」プログラムの招聘アーティストのためのアパートメント兼アトリエとなっています。
